Twee jaar zijn verstreken sinds de CCG hun inval deden in Anteiku, wat een onmiskenbare verandering teweegbracht in de atmosfeer in heel Tokio als gevolg van dit machtsvertoon. In plaats van de ghouls uit te roeien, zijn de bovennatuurlijke bewoners van de stad echter voorzichtiger geworden in hun leven, terwijl de terroristische organisatie Aogiri Tree in kracht probeert toe te nemen om de groeiende bedreiging van het bestaan van de ghouls door de CCG tegen te gaan.In een laatste poging om de ongewenste elementen van Tokio te onderzoeken en uit te roeien, heeft de CCG een speciale eenheid opgericht - de Quinx Squad, een onhandelbaar team van mensen die de speciale vaardigheden van ghouls gebruiken om te vechten. Aan het hoofd van dit team staat een vreemd bekend gezicht: Haise Sasaki, een jongeman die worstelt met zowel een nieuwe identiteit als de moeilijke aard van zijn nieuwe teamgenoten. Het is een probleem dat nog moeilijker wordt als zijn onderzoek lang verloren herinneringen be