Assume o papel do inflexível protagonista, Nier, que começa a sua busca desesperada para descobrir uma cura para a sua filha, Yonah, que foi atingida pela mortal praga Black Scrawl, que praticamente exterminou a humanidade, acabando com a civilização e tornando o mundo irreconhecível.Armado com um poderoso conjunto de habilidades mágicas, bem como espadas e armaduras poderosas, Nier irá lutar ao lado de um conjunto de aliados formidáveis contra ondas de inimigos sombrios e chefes gigantes para descobrir a verdade sobre a doença, a sua filha... e ele próprio.