Em LEGO® DC Super-Villains, a Liga da Justiça desapareceu, deixando a proteção da Terra a cargo de um novo grupo de heróis de um universo paralelo, que se auto-proclamam como ?Sindicato da Justiça?. Os célebres Super-Vilões da DC da ?Legião da Desgraça? descobrem que os novos heróis da Terra podem não ser quem dizem que são. Com Super-Vilões totalmente personalizáveis comandados pelo jogador, esta equipa de criminosos desajustados tem de unir forças para descobrir e prevenir os planos malvados destes desconhecidos.