Målet med Esra & Nehemja er å være den spilleren som har flest seierspoeng (VP) ved spillets slutt. Poeng får man først og fremst ved å bygge tempelet, gjenoppbygge bymurene og -portene og ved å undervise de hjemvendte eksilantene i Toraen. Spillerne kan også forsøke å utvikle landet sitt, reise til bosetninger utenfor bymurene eller fyre opp alterets ild for å holde den brennende dag og natt. Profetene Haggai og Sakarja vil gjøre sitt for å holde folket fokusert på det som er viktigst.I løpet av tre uker (runder) skal spillerne bruke kortene, arbeiderne og ressursene de har på hånden, til å gjenoppbygge den store byen Jerusalem. Etter seks dagers arbeid er det sabbatshvile, hvor det er behov for mat, og hvor man reflekterer over ukens arbeid. Spillet avsluttes etter at den tredje sabbaten er fullført.I sitt første år som konge av Persia utstedte Kyros den store et skriftlig dekret til israelittene i eksil som levde under hans styre:Himmelens Gud har gitt meg alle jordens riker og har