In de niet zo verre toekomst is de mensheid zover gevorderd dat volledige lichaamstransplantaties van vlees naar machine mogelijk zijn. Hierdoor kunnen zowel de fysieke als de cybernetische bekwaamheid sterk toenemen en de grenzen tussen de twee werelden vervagen. Criminelen kunnen echter ook ten volle gebruik maken van dergelijke technologie, wat leidt tot nieuwe en soms zeer gevaarlijke misdaden. Als reactie op dergelijke innovatieve nieuwe methoden heeft de Japanse regering Sectie 9 opgericht, een onafhankelijk opererende politie-eenheid die zich met dergelijke zeer gevoelige misdrijven bezighoudt.Onder leiding van Daisuke Aramaki en Motoko Kusanagi, pakt Sectie 9 dergelijke misdaden aan over het hele sociale spectrum, meestal met succes. Wanneer het team echter wordt geconfronteerd met een nieuwe hacker van niveau A met de bijnaam De Lachende Man , komt het in een gevaarlijk kat-en-muisspel terecht, waarbij het spoor van de hacker wordt gevolgd terwijl deze zijn sporen nalaat in J