Een voortvluchtige alchemist met mysterieuze gaven leidt de gebroeders Elric naar een afgelegen vallei van sloppenwijken, bewoond door de Milos, een trots volk dat vecht tegen bureaucratische uitbuiting. Ed en Al bevinden zich al snel in het midden van een opkomende opstand, als de verbannen Milos tekeer gaan tegen hun onderdrukkers. De kern van het conflict wordt gevormd door Julia, een jonge alchemiste met wie Alphonse bevriend is geraakt. Ze doet er alles aan om de Milos in hun oude glorie te herstellen - zelfs als dat betekent dat ze de verschrikkelijke kracht van de mythische Steen der Wijzen moet aanwenden.