Après avoir déjoué un attentat terroriste à la gare de Hauptbahnhof à Berlin lors de l'apothéose de la saison 5, la saison 6 reprend plusieurs mois plus tard, après la récente élection du nouveau président des États-Unis.  Carrie Mathison est de retour sur le sol américain, vivant à Brooklyn, NY, et travaillant dans une fondation qui fournit de l'aide à la communauté musulmane vivant aux États-Unis.  Alors que son mentor Saul Berenson et Dar Adal se préparent pour le nouveau président élu, Quinn, qui s'est accrochée à la vie à la fin de la saison dernière, est en convalescence aux États-Unis.